Jyväskylän yliopiston hallinto jakautuu usealle tasolle, joissa kaikilla on myös opiskelijoiden edustus. Suuret yliopistotason strategiset ja taloudelliset linjat päättää yliopiston hallitus. Hallituksen toimintaa puolestaan tarkkailee yliopistokollegio.

Yliopiston keskushallinto ei tee kaikkia hallinnollisia päätöksiä, vaan myös tiedekunnilla ja laitoksilla on omat hallintoelimensä. Tiedekuntien hallinnossa merkittävimmät päätökset tehdään tiedekuntaneuvostoissa. Erillis- ja palvelulaitosten kuten kirjaston, tietohallintokeskuksen ja avoimen yliopiston hallintoa hoidetaan johtokunnissa.

Edellä mainittujen lisäksi yliopistossa on myös muita monijäsenisiä toimielimiä, kuten koulutusneuvosto, opintotukilautakunta, eettinen toimikunta ja ruokailutoimikunta. Näiden kautta opiskelijoilla on mahdollisuus vaikuttaa monipuolisesti yliopiston koulutukseen ja opiskelijaelämän perusteisiin.

Yliopiston hallitus

Yliopiston hallitus on yliopiston korkeimmalla tasolla toimiva hallintoelin. Hallitus linjaa yliopiston toimintaa ja sillä on apunaan laaja kirjo toimihenkilöitä ja -elimiä.

Jyväskylän yliopiston hallitus on jäsenmäärältään varsin pieni – siihen kuuluu seitsemän jäsentä, joista osa ei kuulu yliopiston henkilökuntaan tai opiskelijoihin. Yliopiston hallituksessa on tällä hetkellä yksi opiskelijaedustaja.

Yliopiston hallituksen tehtävänä on muun muassa päättää yliopiston toiminnan ja talouden keskeisistä tavoitteista sekä yliopistoon valittavien opiskelijoiden määrästä. Lisäksi hallitus valitsee yliopiston rehtorin.

Yliopistokollegio

Yliopistokollegio on yliopiston hallinnon ylimmällä tasolla toimiva hallintoelin. Se valitsee yliopiston hallituksen jäseniä ja valvoo ylimmän johdon toimintaa.

Yliopistokollegio on 32-jäseninen. Opiskelijaedustajia kollegiossa on kymmenen, joilla kaikilla on henkilökohtaiset varajäsenet. Opiskelijaedustajat valitaan niin, että kaikilla yliopiston tiedekunnilla on kollegiossa omat edustajansa.

Yliopistokollegion tehtävänä on muun muassa päättää yliopiston hallituksen jäsenmäärästä, toimikaudesta ja palkkioista. Lisäksi yliopistokollegio valitsee yliopiston hallituksen jäseniä ja vahvistaa yliopiston tilinpäätöksen.

Tiedekuntaneuvostot

Jyväskylän yliopistossa on kuusi tiedekuntaa, joiden korkeinta päätösvaltaa käyttävät tiedekuntaneuvostot.

Tiedekuntaneuvostojen koot ja kokoonpanot vaihtelevat hieman tiedekunnan koosta riippuen. Opiskelijaedustajia tiedekuntaneuvostoissa on kolme tai neljä, joilla kaikilla on henkilökohtaiset varajäsenet.

Tiedekuntaneuvosto ohjaa monipuolisesti tiedekunnan toimintaa. Sen tehtäviin kuuluu muun muassa tiedekunnan toiminnan ja talouden ohjaaminen sekä koulutuksen kehittäminen. Lisäksi tiedekuntaneuvosto päättää tiedekunnan opetussuunnitelmista ja tekee ehdotuksen tiedekuntaan otettavien uusien opiskelijoiden määristä.

Erillis- ja palvelulaitosten johtokunnat

Erillis- ja palvelulaitosten johtokuntien tehtävänä on muun muassa arvioida ja kehittää laitoksen toimintaa. Lisäksi johtokunta hyväksyy laitoksen toiminta- ja taloussuunnitelman sekä tekee esityksen laitoksen johtajan valinnasta.

Laitoksia, joiden johtokunnissa on opiskelijaedustaja, ovat avoin yliopisto, kirjasto, normaalikoulu, yliopistokeskus Chydenius, museo ja yliopiston kielikeskus. Näissä johtokunnissa on yksi opiskelijaedustaja, jolla on henkilökohtainen varajäsen.