JYYn edustajisto valitsee vuosittain ylioppilaskunnalle hallituksen, joka huolehtii JYYn arkisesta päätöksenteosta ja edustajiston päätösten toimeenpanosta. Hallitus antaa muun muassa lausuntoja ja kannanottoja opiskelijoita koskevissa asioissa, jakaa järjestöavustuksia ja rekrytoi työntekijöitä.
Hallituksen koko on 8-10 henkeä.
JYYn hallitus 2012
Kalle Jokinen
Hallituksen puheenjohtaja
Email: kalle.jokinen@hallitus.jyy.fi
GSM: 045 137 1964
Edustajistoryhmä: Pörssi & Dumppi
Hanna-Mari Savolainen
Hallituksen varapuheenjohtaja
Email: hanna-mari.savolainen@hallitus.jyy.fi
GSM: 044 333 9116
Vastuualueet: Kansainväliset asiat ja kehitysyhteistyö
Edustajistoryhmä: Poikkitieteilijät
Markus Hemminki
Email: markus.hemminki@hallitus.jyy.fi
GSM: 050 570 5151
Vastuualueet: Yritysyhteistyö, talous ja ylioppilaslehti
Edustajistoryhmä: Pörssi & Dumppi
Iiris Hosia
Email: iiris.hosia@hallitus.jyy.fi
GSM: 040 018 4680
Vastuualueet: Kulttuuri ja viestintä
Edustajistoryhmä: Jyväskylän yliopiston vihreä vasemmisto
Elvi Juvonen
Email: elvi.juvonen@hallitus.jyy.fi
GSM: 040 042 5694
Vastuualueet: Sosiaalipolitiikka ja liikunta
Edustajistoryhmä: Keskustaopiskelijat
Susanna Koistinen
Email: susanna.koistinen@hallitus.jyy.fi
GSM: 040 512 2069
Vastuualueet: Korkeakoulupolitiikka ja järjestöt
Edustajistoryhmä: Jyväskylän yliopiston vihreä vasemmisto
Annika Mäkeläinen
Email: annika.makelainen@hallitus.jyy.fi
GSM: 040 5747 695
Vastuualueet: Korkeakoulupolitiikka ja tutorointi
Edustajistoryhmä: Poikkitieteilijät
Janne Ruuth
Email: janne.ruuth@hallitus.jyy.fi
GSM: 040 755 4739
Vastuualueet: Ympäristöasiat, kampusalueiden kehittäminen ja Kampus Kustannus
Edustajistoryhmä: Luonnontieteilijät
Tuomo Siivinen
Email: tuomo.siivinen@hallitus.jyy.fi
GSM: 044 291 5745
Vastuualueet: Kuntapolitiikka ja sosiaalipolitiikka
Edustajistoryhmä: Kokoomusopiskelijat
Antti Väisänen
Email: antti.vaisanen@hallitus.jyy.fi
GSM: 044 094 4487
Vastuualueet: Järjestöt ja ylioppilaskylä
Edustajistoryhmä: Luonnontieteilijät